Configuração inicial da base

Ordem recomendada

1. Filiais: em Fiscal → Filiais, confira a matriz e cadastre as filiais que vão emitir. Cada uma tem UF e numeração próprias, e pode ter RNTRC próprio (o registro da ANTT é por CNPJ) e ambiente SEFAZ próprio, útil ao migrar um CNPJ de cada vez, com a matriz já em produção e a filial nova ainda homologando.
2. Certificado digital A1: em Fiscal → Certificado Digital A1, suba o arquivo .pfx de cada filial e valide a senha. É ele que assina CT-e, MDF-e e o CIOT.
3. Parâmetros fiscais e séries: defina ambiente SEFAZ, regime tributário, série e próximo número de CT-e e MDF-e junto com a contabilidade. O ambiente definido aqui vale para toda a base; filial que precisar de outro ajusta no próprio cadastro dela.
4. Tributação: em Fiscal → Tributação ICMS e Tributação IBS/CBS, confira as regras que definem o imposto do CT-e. Sem elas o documento sai com o padrão do sistema, o que raramente é o que a sua contabilidade espera.
5. Usuários: cadastre a equipe com o perfil certo (Administrador, Fiscal, Financeiro, Operacional, Motorista ou Visualizador).
6. Frota: cadastre pelo menos um veículo (com RNTRC e eixos), um motorista (com CPF) e a transportadora.

Com isso pronto, você já consegue emitir o primeiro CT-e e montar o primeiro MDF-e.